autofattura immobile strumentale

Buongiorno.
Un immobile di proprietà viene inserito tra i beni strumentali di un'affittacamere. Sullo stesso, nel corso dell'attività, sono effettuati dei lavori di rifacimento di impianti elettrici e termoidraulici. Dopo qualche anno, l'attività viene cessata. Qualora NON si sia proceduto a dedurre le quote di ammortamento del fabbricato (ma solo quelle dei lavori), è lecito gestire l'autofattura del bene senza generare plusvalenza? Oppure c'è da aspettarsi che il Fisco venga a sindacare sul valore dell'autofattura, soprattutto in riferimento all'incremento di valore riconducibile ai lavori effettuati sull'immobile?
Spero sia riuscito a spiegare il tutto con chiarezza.
Ringrazio chi vorrà dedicarmi qualche minuto..